# #——回声= FALSE,消息= FALSE,警告= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(崩溃= TRUE,评论= " # >”)图书馆(faahKO) # #——install_IPO eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # #试试http://如果不支持https:// url # (!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(IPO) # #——install_IPO_suggestions, eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # #挑选峰值参数优化的例子:# BiocManager:安装(“msdata”) # #优化保留时间校正的例子和分组# #参数:# BiocManager::安装(“faahKO”) # #——file_choosing - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - datapath公司< -系统。文件(“提供”,包=“faahKO”) datafiles < -列表。文件(datapath公司,递归= TRUE, full.names = TRUE) # #——load_IPO,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(IPO) # #——optimize_peak_picking fig.height = 7, fig.width = 7,警告= FALSE - - - - - - - - - - - peakpickingParameters < - getDefaultXcmsSetStartingParams (matchedFilter) #设置水平一步0.2和0.3美元(因此0.25是中心点)peakpickingParameters步骤< - c (0.2, 0.3) peakpickingParameters <美元的半最大值宽度- c(40、50) #设置步骤因此这个参数不是只有一个值优化peakpickingParameters步骤< - 2美元。xcmsSet < -系统。({#测量时间resultPeakpicking < - optimizeXcmsSet(文件= datafiles [1:2], params = peakpickingParameters nSlaves = 1,子目录= NULL,情节= TRUE)}) # #——optimize_peak_picking_result - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - resultPeakpicking best_settings结果optimizedXcmsSetObject <美元——resultPeakpicking best_settings xset # #美元——optimize_retcor_group fig.height = 7, fig.width = 7,警告= FALSE - - - - - - - - - - retcorGroupParameters < - getDefaultRetGroupStartingParams () retcorGroupParameters profStep < - 1 retcorGroupParameters gapExtend <美元- 2.7次。RetGroup < -系统。({#测量时间resultRetcorGroup < - optimizeRetGroup (xset = optimizedXcmsSetObject params = retcorGroupParameters nSlaves = 1,子目录= NULL,情节= TRUE)}) # #——display_settings - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - writeRScript (resultPeakpicking best_settings参数,美元resultRetcorGroup best_settings美元)# # - - - - - * - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -时间。xcmsSet #时间优化选择参数峰值时间。RetGroup #时间优化保留时间校正和分组参数sessionInfo ()