variancePartition

DOI:10.18129 / B9.bioc.variancePartition

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见variancePartition．

在多水平基因表达实验中量化和解释多种变异

Bioconductor版本:3.11

量化和解释基因表达实验中生物和技术变异的多个来源。使用线性混合模型量化可归因于个体、组织、时间点或技术变量的基因表达变异。包括重复测量的梦差异表达分析。

作者:Gabriel E. Hoffman

维护者:Gabriel E. Hoffman < Gabriel。Hoffman在mssm。edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("variancePartition")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“variancePartition”)

PDF	R脚本	1)使用variancePartition的教程
超文本标记语言	R脚本	2)额外的可视化
PDF	R脚本	3)随机效应和REML理论与实践
超文本标记语言	R脚本	4)梦想:用重复测量设计进行差异表达测试
超文本标记语言	R脚本	5)常见问题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BatchEffect，DifferentialExpression，表观遗传学，FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneSetEnrichment，ImmunoOncology，微阵列，归一化，预处理，质量控制，RNASeq，回归，软件，转录组
版本	1.18.3
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.6.0)，ggplot2，limma，foreach，尺度，Biobase、方法
进口	质量，pbkrtest(> = 0.4 4),lmerTest，迭代器样条函数,colorRamps，BiocParallel，gplots，进步，reshape2，lme4-10年(> = 1.1),doParallel， grDevices，图形，utils，统计
链接
建议	BiocStyle，knitr，老鸨，rmarkdown，刨边机，dendextend，tximport，tximportData，舞会礼服，DESeq2，RUnit，BiocGenerics，r2glmm，readr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/GabrielHoffman/variancePartition/issues
全靠我
进口我	BioMM，马斯喀特
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	variancePartition_1.18.3.tar.gz
Windows二进制	variancePartition_1.18.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	variancePartition_1.18.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variancePartition
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/variancePartition
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/variancePartition/
软件包下载报告	下载数据