universalmotif

DOI:10.18129 / B9.bioc.universalmotif

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅universalmotif。

导入、修改和出口图案与R

Bioconductor版本:3.11

允许使用的最常见的主题类型导入R函数提供的其他Bioconductor motif-related包。图案可以导出为最主要的主题从不同的类所定义的其他格式Bioconductor包。一套包括主题和序列操作和分析功能,包括浓缩、比较,假定值计算,洗牌,修剪,高阶主题等等。

作者:本杰明- Tremblay (aut (cre),斯宾塞Nystrom(施)

维护人员:本杰明- Tremblay < b2tremblay在uwaterloo.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“universalmotif”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“universalmotif”)

PDF	R脚本	介绍“universalmotif”
PDF	R脚本	介绍了序列图案
PDF	R脚本	主题和假定值的比较
PDF	R脚本	主题进口、出口和操纵
PDF	R脚本	序列操作和扫描
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,GeneRegulation,MotifAnnotation,MotifDiscovery,软件
版本	1.6.4,
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(2年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.5.0)
进口	方法、统计跑龙套,质量,ggplot2,猿,ggtree,ggseqlogo,yaml,Rcpp,Rdpack(> = 0.7),Biostrings,BiocGenerics,processx,S4Vectors,rlang
链接	Rcpp,RcppThread
建议	拼写,knitr,bookdown,TFBSTools,rmarkdown,MotifDb,testthat,Logolas,BiocParallel,seqLogo,motifStack,dplyr
SystemRequirements
增强了	MotIV,PWMEnrich,rGADEM,motifRG
URL	https://github.com/bjmt/universalmotif
BugReports	https://github.com/bjmt/universalmotif/issues
取决于我
进口我	circRNAprofiler
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	universalmotif_1.6.4.tar.gz
Windows二进制	universalmotif_1.6.4.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	universalmotif_1.6.4.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/universalmotif
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ universalmotif
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/universalmotif/
包下载报告	下载数据