tximport

DOI:10.18129 / B9.bioc.tximport

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅tximport。

导入和总结记录,能够分析转录水平的估计

Bioconductor版本:3.11

进口转录水平丰富,估计计数和记录长度,并总结了矩阵用于下游能够分析包。加权平均记录长度,sample-specific转录丰度估计,是一个矩阵,可以用作抵消能够数的不同表达。

迈克尔•爱(cre, aut)作者:夏洛特Soneson (aut),马克·罗宾逊(aut)抢劫Patro[所有],安德鲁·帕克摩根(施),瑞安·c·汤普森(施),马特·雪莉(施),Avi斯利瓦斯塔瓦(施)

维修工:迈克尔爱< michaelisaiahlove gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“tximport”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“tximport”)

HTML	R脚本	与tximport进口记录大量数据集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,GeneExpression,ImmunoOncology,预处理,RNASeq,软件,转录,转录组
版本	1.16.1
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(4.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于
进口	跑龙套、统计方法
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat,tximportData,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,readr(> = 0.2.2),limma,刨边机,csaw,DESeq2(> = 1.11.6),rhdf5,jsonlite,matrixStats,矩阵,鱼池
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/tximport
取决于我
进口我	alevinQC,BgeeCall,IsoformSwitchAnalyzeR,tximeta
建议我	强盗,DESeq2,HumanTranscriptomeCompendium,SummarizedBenchmark,variancePartition
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	tximport_1.16.1.tar.gz
Windows二进制	tximport_1.16.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	tximport_1.16.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tximport
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tximport
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tximport/
包下载报告	下载数据