twoddpcr

DOI:10.18129 / B9.bioc.twoddpcr

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅twoddpcr。

分类2 d滴数字PCR (ddPCR)数据和量化的数量开始分子

Bioconductor版本:3.11

twoddpcr包需要滴数字PCR (ddPCR)液滴从Bio-Rad QuantaSoft和振幅数据可以分类滴。的总结可以生成积极/消极的滴数,然后可以用来估计使用泊松分布的分子数。这是第一个开源计划,促进一般的自动分类两个通道ddPCR数据。以前的工作包括“definetherain”(琼斯et al ., 2014)和“ddpcRquant”(Trypsteen et al ., 2015)这两只处理一个通道ddPCR实验。ddpcr的包可以在凹口(Attali et al ., 2016)支持一个特定类的两个通道的自动浇注ddpcr实验。

作者:赵安东尼(aut (cre)

维修工:安东尼赵<安东尼在achiu.me >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“twoddpcr”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“twoddpcr”)

HTML	R脚本	twoddpcr:一个包滴数字PCR分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,软件,ddPCR
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.4)
进口	类,ggplot2,hexbin、方法、尺度,闪亮的,统计,跑龙套,RColorBrewer,S4Vectors
链接
建议	devtools,knitr,reshape2,rmarkdown,testthat,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	http://github.com/CRUKMI-ComputationalBiology/twoddpcr/
BugReports	http://github.com/CRUKMI-ComputationalBiology/twoddpcr/issues/
取决于我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	twoddpcr_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	twoddpcr_1.12.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	twoddpcr_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/twoddpcr
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ twoddpcr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/twoddpcr/
包下载报告	下载数据