《暮光之城》

DOI:10.18129 / B9.bioc.twilight

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见《暮光之城》．

估计局部错误发现率

Bioconductor版本:3.11

在一个典型的微阵列设置中，在两种条件下观察到基因表达数据，局部错误发现率描述了给定相应的观察得分或p值水平的基因在两种条件下没有差异表达的概率。p值与局部错误发现率的结果曲线提供了清晰的差异和明确的非差异基因表达之间的模糊地带的见解。包'twilight'包含两个主要函数:Pval对给定输入矩阵或表达式集的均值差异执行两条件测试，并基于p值计算排列。函数黄昏执行随机下坡搜索，以估计局部错误发现率和效应大小分布。该包进一步提供了过滤正确描述空分布的排列的方法。使用过滤排列，隐藏的混杂因素的影响可以减少。

作者:Stefanie Scheid < Stefanie。Scheid在gmx.de>

维护者:Stefanie Scheid < Stefanie。Scheid在gmx.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("twilight")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(《暮光之城》)

PDF	R脚本	局部错误发现率的估计
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression，微阵列，MultipleComparison，软件
版本	1.64.0
在Bioconductor	BioC 1.6 (R-2.1)或更早(> 15.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(> = 2.10),样条函数(> = 2.2.0),数据(> = 2.2.0),Biobase(> = 1.12.0)
进口	Biobase，图形，grDevices，统计
链接
建议	golubEsets(> = 1.4.2),vsn(> = 1.7.2)
SystemRequirements
增强了
URL	http://compdiag.molgen.mpg.de/software/twilight.shtml
全靠我	OrderedList
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	twilight_1.64.0.tar.gz
Windows二进制	twilight_1.64.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	twilight_1.64.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/twilight
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/twilight
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/twilight/
软件包下载报告	下载数据