transcriptR

DOI:10.18129 / B9.bioc.transcriptR

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见transcriptR．

基于ChIP和RNA-Seq的初级转录本检测和定量的综合工具

Bioconductor版本:3.11

被测序的RNA类型的差异对最终的测序谱有影响。mRNA-seq数据中包含大量来自外显子的reads，而GRO-、nucRNA-和chrRNA-seq显示了外显子和内含子区域的广泛覆盖。在GRO-seq类型的数据中，内含子读取的存在使得使用它来计算识别和量化分布在基因组中的所有从头开始的连续转录区域成为可能。然而，与mRNA-seq相比，这种类型的数据更难以解释，也更不常见。初级转录检测的挑战之一涉及紧密间隔的基因的同时转录，需要适当地将其分为单独的转录单位。R包transcriptR结合RNA-seq数据和组蛋白修饰的ChIP-seq数据，标记活性转录起始位点(tss)，如H3K4me3或H3K9/14Ac，以克服这一挑战。这种方法相对于例如基因注释的使用的优势在于，这种方法是数据驱动的，因此也能够处理新颖的和特定于案例的事件。此外，ChIP-和RNA-seq数据的集成允许识别给定样本中所有已知和新的活性转录起始位点。

作者:Armen R. Karapetyan < Armen。Karapetyan87在gmail.com>

维护者:Armen R. Karapetyan < Armen。Karapetyan87在gmail.com>

安装

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如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("transcriptR")

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文档

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browseVignettes(“transcriptR”)

超文本标记语言	R脚本	transcriptR:基于ChIP和RNA-seq的初级转录本检测和定量的综合工具
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细节

biocViews	报道，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件，转录
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	方法，R (>= 3.3)
进口	BiocGenerics，脱字符号，chipseq，e1071，GenomicAlignments，GenomicRanges，GenomicFeatures，GenomeInfoDb，ggplot2，图形，grDevices，IRanges(> = 2.11.15),pROC，reshape2，Rsamtools，rtracklayer，S4Vectors，统计，效用
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，testthat
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包档案

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源包	transcriptR_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	transcriptR_1.16.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	transcriptR_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/transcriptR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/transcriptR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/transcriptR/
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