tradeSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.tradeSeq

此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见tradeSeq

基于轨迹的测序数据差异表达分析

Bioconductor版本:3.11

tradeSeq为拟合回归模型提供了一种灵活的方法,可用于寻找沿一个或多个谱系在轨迹上差异表达的基因。在拟合模型的基础上,它使用了适合回答不同感兴趣问题的各种测试,例如,发现表达与伪时间相关的基因,或沿轨迹(在特定区域)有差异表达的基因。对每个基因拟合一个负二项广义加性模型(GAM),并对GAM的参数进行推断。

作者:Koen Van den Berge [aut], Hector Roux de Bezieux [aut, cre], Kelly Street [ctb], Lieven Clement [ctb], Sandrine Dudoit [ctb]

维护者:Hector Roux de Bezieux < Hector。Rouxdebezieux at berkeley.edu>

引用(从R中,输入引用(“tradeSeq”)):

安装

要安装此包,启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“tradeSeq”)

超文本标记语言 R脚本 Monocle + tradeSeq
超文本标记语言 R脚本 关于与fitGAM合作的更多细节
超文本标记语言 R脚本 tradeSeq工作流
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 聚类DifferentialExpressionGeneExpressionMultipleComparisonRNASeq回归测序SingleCell软件TimeCourse转录组可视化
版本 1.2.01
在Bioconductor公司 BioC 3.10 (R-3.6)(1年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 3.6)
进口 mgcv刨边机SingleCellExperimentSummarizedExperiment弹弓magrittrRColorBrewerBiocParallelBiobasepbapplyggplot2princurve、方法、S4Vectors宠物猫dplyr单片眼镜igraphclusterExperiment
链接
建议 knitrrmarkdowncowplottidyrtestthatcovr
SystemRequirements
增强了
URL https://statomics.github.io/tradeSeq/index.html
BugReports https://github.com/statOmics/tradeSeq/issues
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包档案

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源包 tradeSeq_1.2.01.tar.gz
Windows二进制 tradeSeq_1.2.01.zip
macOS 10.13 (High Sierra) tradeSeq_1.2.01.tgz
源库 git clone https://git.bioconductor.org/packages/tradeSeq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tradeSeq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/tradeSeq/
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