此软件包适用于3.11版的生物导体;对于稳定的最新版本,请参阅topgo。
生物导体版本:3.11
Topgo软件包提供了用于测试GO术语的工具,同时考虑GO图的拓扑结构。可以实施和应用不同的测试统计数据和不同的方法来消除GO术语之间的局部相似性和依赖性。
作者:Adrian Alexa,Jorg Rahnenfuhrer
维护者:gmail.com上的Adrian Alexa
引用(从r内,输入引用(“ Topgo”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ topgo”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ Topgo”)
R脚本 | topgo | |
参考手册 |
生物浏览 | 微阵列,,,,软件,,,,可视化 |
版本 | 2.40.0 |
在生物导体中 | Bioc 2.0(R-2.5)(13。5年) |
执照 | LGPL |
依靠 | R(> = 2.10.0),方法,生物基因(> = 0.13.6),图形(> = 1.14.0),生物酶(> = 2.0.0),go.db(> = 2.3.0),AnnotationDbi(> = 1.7.19),Sparsem(> = 0.73) |
进口 | 格子,,,,矩阵,,,,DBI |
链接 | |
建议 | 全部,,,,HGU95AV2.DB,,,,HGU133A.DB,,,,GeneFilter,,,,Xtable,,,,多检验,,,,rgraphviz,,,,全球测试 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | |
取决于我 | BGEEDB,,,,CCTORIAL,,,,Celltree,,,,Compepitools,,,,Egsea,,,,理想的,,,,Maendtoend,,,,rnaither,,,,翻译 |
进口我 | 细胞,,,,富集兄弟,,,,foldgo,,,,戈西姆,,,,omadb,,,,PCAEXPLORER,,,,psygenet2r,,,,转录图,,,,Viseago |
建议我 | fgnet,,,,Intramirexplorer,,,,mirnatap,,,,林戈 |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | topgo_2.40.0.tar.gz |
Windows二进制 | topgo_2.40.0.zip |
MacOS 10.13(高山脉) | topgo_2.40.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topgo |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/topgo |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/topgo/ |
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