tilingArray

DOI:10.18129 / B9.bioc.tilingArray

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅tilingArray。

记录映射与高密度寡核苷酸花砖数组

Bioconductor版本:3.11

包提供的功能,可用于高密度花砖微阵列数据的分析(如从Affymetrix genechips)测量转录丰度和建筑。包装的主要功能是:1。类“分割”代表分划的一系列线性的数据;2。函数的段拟合分段常数模型使用动态编程算法,既快速又准确的;3所示。函数计算置信区间的confint使用strucchange包;4所示。函数的plotAlongChrom生成漂亮的情节;5。 the function 'normalizeByReference' for probe-sequence dependent response adjustment from a (set of) reference hybridizations.

作者:沃尔夫冈•休伯(Xu Joern Toedling马特·里奇的贡献

维护人员:徐(< zxu在embl.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“tilingArray”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“tilingArray”)

PDF	R脚本	介绍plotAlongChrom函数
PDF	R脚本	介绍使用分段函数以适应分段常数曲线
PDF		与normalizeByReference功能正常化tilingArray包
PDF		分割演示
PDF		补充。计算成本的矩阵
PDF		参考手册

细节

biocViews	微阵列,OneChannel,预处理,软件,可视化
版本	1.66.0
Bioconductor自	BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 15.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.11.0),Biobase、方法、象图
进口	strucchange,affy,vsn,genefilter,RColorBrewer、网格stats4
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	davidTiling
进口我	ADaCGH2,snapCGH
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	tilingArray_1.66.0.tar.gz
Windows二进制	tilingArray_1.66.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	tilingArray_1.66.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tilingArray
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ tilingArray
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tilingArray/
包下载报告	下载数据