这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅strandCheckR。
Bioconductor版本:3.11
这个包的目的是量化和删除公认的从strand-specific RNA双链DNA样本。也有选择和方法绘制所有滑动窗口的正/负比例,这允许用户了解多少样品的污染和适当的阈值用于过滤。
作者:Thu-Hien (aut (cre),史蒂夫Pederson (aut)
维护人员:Thu-Hien < tothuhien gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“strandCheckR”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“strandCheckR”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“strandCheckR”)
HTML | R脚本 | 介绍strandCheckR |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,报道,ImmunoOncology,质量控制,RNASeq,软件 |
版本 | 1.6.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.8 (r - 3.5)(2年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | |
进口 | dplyr,magrittr,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicRanges,IRanges,Rsamtools,S4Vectors、网格BiocGenerics,ggplot2,reshape2统计数据,gridExtra,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene、方法、stringr |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | strandCheckR_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | strandCheckR_1.6.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | strandCheckR_1.6.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/strandCheckR |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ strandCheckR |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/strandCheckR/ |
包下载报告 | 下载数据 |