strandCheckR

DOI:10.18129 / B9.bioc.strandCheckR

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅strandCheckR

计算strandness bam文件信息

Bioconductor版本:3.11

这个包的目的是量化和删除公认的从strand-specific RNA双链DNA样本。也有选择和方法绘制所有滑动窗口的正/负比例,这允许用户了解多少样品的污染和适当的阈值用于过滤。

作者:Thu-Hien (aut (cre),史蒂夫Pederson (aut)

维护人员:Thu-Hien < tothuhien gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“strandCheckR”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“strandCheckR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“strandCheckR”)

HTML R脚本 介绍strandCheckR
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐,报道,ImmunoOncology,质量控制,RNASeq,软件
版本 1.6.0
Bioconductor自 BioC 3.8 (r - 3.5)(2年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于
进口 dplyr,magrittr,GenomeInfoDb,GenomicAlignments,GenomicRanges,IRanges,Rsamtools,S4Vectors、网格BiocGenerics,ggplot2,reshape2统计数据,gridExtra,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene、方法、stringr
链接
建议 BiocStyle,knitr,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 strandCheckR_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 strandCheckR_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉) strandCheckR_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/strandCheckR
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ strandCheckR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/strandCheckR/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网