soGGi

DOI:10.18129 / B9.bioc.soGGi

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅soGGi。

想象ChIP-seq, MNase-seq和主题发生聚合情节概括在分组基因间隔

Bioconductor版本:3.11

soGGi包提供了一个工具集来创建聚合/总结基因间隔块信号或主题发生从BAM和权贵文件以及PWM rlelist,农庄和GAlignments Bioconductor对象。soGGi允许正常化、转换和算术操作和总结图对象之间以及分组和情节的构造子集农庄对象和用户提供的元数据。土地使用GGplot2图书馆允许创建用户定义的操作返回的对象。耦合在一起,soGGi功能广泛的方法来可视化基因组学数据组的上下文中如基因、基因组间隔superenhancers和转录因子绑定事件。

作者:Gopuraja Dharmalingam,道格·巴罗斯,汤姆卡罗尔

维护人员:汤姆卡罗尔< tc.infomatics gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“soGGi”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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PDF	R脚本	soggi
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq,报道,测序,软件
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(5.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.2.0),BiocGenerics,SummarizedExperiment
进口	方法,reshape2,ggplot2,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,Biostrings,Rsamtools,GenomicAlignments,rtracklayer,preprocessCore,chipseq,BiocParallel
链接
建议	testthat,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	DChIPRep,profileplyr
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	soGGi_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	soGGi_1.20.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	soGGi_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/soGGi
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ soGGi
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/soGGi/
包下载报告	下载数据