紧身的

DOI:10.18129 / B9.bioc.slinky

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见紧身的．

在LINCS L1000数据分析中加入乐趣

Bioconductor版本:3.11

包装器来查询通过线索可用的L1000元数据。io REST API，以及用于处理LINCS gctx文件、提取感兴趣的数据集、转换为summarize实验对象的帮助程序，以及用于对这些数据集执行流线型差分表达式分析的一些工具。

作者:Eric J. Kort

维护者:Eric J. Kort < Eric。科特在vai.org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("slinky")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“紧身”)

超文本标记语言	R脚本	LINCS分析与slinky
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataImport，DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，PatternLogic，软件，ThirdPartyClient
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(2年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	SummarizedExperiment，旋度，dplyr，foreach，httr，统计，utils，方法，readr，rhdf5，jsonlite，tidyr
链接
建议	晶洞，doParallel，testthat，knitr，rmarkdown，ggplot2，Rtsne，Biobase，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	slinky_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	slinky_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	slinky_1.6.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/slinky
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/slinky
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/slinky/
软件包下载报告	下载数据