弹弓

DOI:10.18129 / B9.bioc.slingshot

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅弹弓。

订购单细胞测序的工具

Bioconductor版本:3.11

为推断提供了函数连续,分支家族结构的低维数据。弹弓设计模型发展轨迹在单细胞RNA序列数据和作为一个组件在一个分析降维后管道和集群。它足够灵活,可以处理任意多分支事件和允许的先验知识通过监督图施工。

作者:凯利街(cre, aut cph],大卫。Risso (aut),迪亚Das (aut) Sandrine Dudoit(黑色),柯恩Van den Berge[所有],Robrecht Cannoodt[所有]( rcannood)

维护人员:凯利街<街。凯利在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“弹弓”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“弹弓”)

HTML	R脚本	微分拓扑
HTML	R脚本	弹弓
PDF		参考手册

细节

biocViews	聚类,DifferentialExpression,GeneExpression,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组,可视化
版本	1.6.1
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(2年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5),princurve(> = 2.0.4),统计数据
进口	猿、图形、grDevicesigraph,matrixStats、方法、SingleCellExperiment,SummarizedExperiment
链接
建议	BiocGenerics,BiocStyle,clusterExperiment,命运,gam,knitr,mclust,mgcv,RColorBrewer,rgl,rmarkdown,testthat,covr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/kstreet13/slingshot/issues
取决于我
进口我	tradeSeq
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	slingshot_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	slingshot_1.6.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	slingshot_1.6.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/slingshot
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/弹弓
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/slingshot/
包下载报告	下载数据