签名者

DOI:10.18129 / B9.bioc.signeR

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅签名者。

经验贝叶斯方法发现突变签名

Bioconductor版本:3.11

突变的签名者的包提供了一种经验贝叶斯方法签名的发现。它旨在分析单核苷酸variaton (SNV)计数在癌症基因组,但也可以应用于其他特性。功能描述签名或基因组样本根据曝光模式也提供。

作者:拉斐尔·罗萨莱斯罗德里戈·德拉蒙德,升井Valieris,以色列Tojal达席尔瓦

维护人员:升Valieris <升井。在accamargo.org.br valieris >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“签名者”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“签名者”)

HTML	R脚本	签名者
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GenomicVariation,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod,可视化
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	VariantAnnotation,NMF
进口	BiocGenerics,Biostrings,类、图形、grDevicesGenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges,nloptr、方法、统计跑龙套,PMCMR
链接	Rcpp,RcppArmadillo(> = 0.7.100)
建议	knitr,rtracklayer,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL	https://github.com/rvalieris/signeR
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	signeR_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	signeR_1.14.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	signeR_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/signeR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/签名者
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/signeR/
包下载报告	下载数据