seqbias

doi:10.18129/b9.bioc.seqbias

此软件包适用于3.11版的生物导体;对于稳定的最新版本,请参阅seqbias

高通量测序数据中的每位偏差的估计

生物导体版本:3.11

该软件包使用简单的贝叶斯网络在高通量测序数据中实现了每个位置测序偏置模型,其结构和参数是在一组对齐的读取和参考基因组序列上训练的。

作者:丹尼尔·琼斯(Daniel Jones)

维护者:丹尼尔·琼斯(Daniel Jones)

引用(从r内,输入引用(“ seqbias”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ seqbias”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ seqbias”)

PDF R脚本 评估和调整高通量测序数据中的技术偏见
PDF 参考手册

细节

生物浏览 测序,,,,软件
版本 1.36.0
在生物导体中 Bioc 2.8(R-2.13)(9。5年)
执照 LGPL-3
要看 r(> = 3.0.2),基因组机(> = 0.1.0),生物弦(> = 2.15.0),方法
进口
链接 Rhtslib(> = 1.15.3)
建议 rsamtools,,,,GGPLOT2
系统要求 gnu做
增强
URL
取决于我 Reqon
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 seqbias_1.36.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13(高山脉) seqbias_1.36.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqbias
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/seqbias
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/seqbias/
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