seqTools

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqTools

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅seqTools。

分析核苷酸序列和质量内容fastq文件

Bioconductor版本:3.11

分析阅读长度,phr分数和字母频率和DNA k-mers未压缩和压缩fastq文件。

作者:沃尔夫冈·凯瑟

维护者:沃尔夫冈·凯瑟在med.uni-duesseldorf.de > <凯撒

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“seqTools”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“seqTools”)

PDF	R脚本	介绍
PDF	R脚本	seqTools_qual_report
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	质量控制,测序,软件
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,跑龙套,zlibbioc
进口
链接	zlibbioc
建议	RUnit,BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	qckitfastq
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	seqTools_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	seqTools_1.22.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	seqTools_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/seqTools
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ seqTools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seqTools/
包下载报告	下载数据