seqCAT

DOI:10.18129 / B9.bioc.seqCAT

此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见seqCAT．

高通量测序细胞认证工具包

Bioconductor版本:3.11

seqCAT包使用来自高通量测序技术的可变调用数据(以VCF文件的形式)来验证和验证科学研究中使用的生物样本的来源、功能和特征。

作者:Erik Fasterius [aut, cre]

维护者:Erik Fasterius < Erik。Fasterius在outlook.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“seqCAT”)

超文本标记语言	R脚本	seqCAT:高吞吐量测序细胞认证工具包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	报道，GenomicVariation，测序，软件，VariantAnnotation
版本	1.10.0
在Bioconductor公司	BioC 3.6 (R-3.4)(3年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)，GenomicRanges(> = 1.26.4),VariantAnnotation(> = 1.20.3)
进口	dplyr(> = 0.5.0),GenomeInfoDb(> = 1.13.4),ggplot2(>= 2.2.1)，网格(>= 3.5.0)，IRanges(>= 2.8.2)，方法，rtracklayer，rlang，尺度(> = 0.4.1),S4Vectors(>= 0.12.2)， stats，SummarizedExperiment(> = 1.4.0),tidyr(>= 0.6.1)， utils
链接
建议	knitr，BiocStyle，rmarkdown，testthat，BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	seqCAT_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	seqCAT_1.10.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	seqCAT_1.10.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/seqCAT
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/seqCAT
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/seqCAT/
软件包下载报告	下载数据