此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见嘘.
Bioconductor版本:3.11
一组工具,用于对单细胞RNA-seq基因表达数据进行各种分析,重点是质量控制和可视化。
作者:Davis McCarthy [aut, cre], Kieran Campbell [aut], Aaron Lun [aut, ctb], Quin Wills [aut], Vladimir Kiselev [ctb]
维护者:Davis McCarthy < Davis at ebi.ac.uk>
引文(从R内,输入引用(“嘘”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install(" sater ")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“嘘”)
超文本标记语言 | R脚本 | 散射器功能概述 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 报道,DataImport,DataRepresentation,DimensionReduction,GeneExpression,ImmunoOncology,基础设施,归一化,预处理,质量控制,RNASeq,测序,SingleCell,软件,转录组,可视化 |
版本 | 1.16.2 |
在Bioconductor | BioC 3.3 (R-3.3)(4.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | SingleCellExperiment,ggplot2 |
进口 | BiocGenerics,SummarizedExperiment,矩阵,ggbeeswarm,rlang、网格DelayedArray,DelayedMatrixStats、方法、S4Vectors,统计,utils,冬青,Rcpp,BiocNeighbors,BiocSingular,BiocParallel |
链接 | Rcpp,beachmat |
建议 | BiocStyle,BiocFileCache,biomaRt,beachmat,cowplot,命运,knitr,scRNAseq,robustbase,rmarkdown,Rtsne,uwot,NMF,testthat,pheatmap,Biobase,limma,DropletUtils |
SystemRequirements | c++ 11 |
增强了 | |
URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/scater/ |
BugReports | https://support.bioconductor.org/ |
全靠我 | netSmooth |
进口我 | 后面;,催化剂,celda,CellMixS,截然不同的,马斯喀特,netDx,peco,scDblFinder,scPipe,食物,猎犬,spatialLIBD,飞溅 |
建议我 | CellTrails,CiteFuse,DuoClustering2018,fcoex,HCAData,iSEE,iSEEu,M3Drop,桅杆,mbkmeans,单片眼镜,muscData,SC3,scds,schex,散粒,scMerge,simpleSingleCell,单,激流回旋,SummarizedBenchmark,TabulaMurisData,waddR |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | scater_1.16.2.tar.gz |
Windows二进制 | scater_1.16.2.zip(32位和64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | scater_1.16.2.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scater |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scater |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/scater/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |