scPipe

DOI:10.18129 / B9.bioc.scPipe

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见scPipe．

单细胞RNA-seq数据分析管道

Bioconductor版本:3.11

一个单细胞RNA-seq数据的预处理管道，从fastq文件开始，并产生带有相关质量控制信息的基因计数矩阵。它可以处理由CEL-seq, MARS-seq, Drop-seq, Chromium 10x和SMART-seq协议生成的fastq数据。

作者:田鲁一

维护人员:Luyi Tian < Tian。L at wehi.edu.au>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("scPipe")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“scPipe”)

超文本标记语言	R脚本	scPipe: 3'端scRNA-seq数据的灵活数据预处理管道
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,预处理,质量控制,RNASeq,SequenceMatching,测序,SingleCell,软件,可视化
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(3年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.4)，ggplot2、方法、SingleCellExperiment
进口	Rhtslib,biomaRt,GGally,质量,mclust,Rcpp(> = 0.11.3),重塑,BiocGenerics,robustbase,尺度， utils，统计，S4Vectors,SummarizedExperiment,AnnotationDbi,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,stringr,rtracklayer,哈希,dplyr,GenomicRanges,magrittr,胶水1.3.0(> =版本),rlang,嘘(> = 1.11.0)
链接	Rcpp,Rhtslib(> = 1.13.1),zlibbioc,testthat
建议	Rsubread,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements	c++ 11, GNU制作
增强了
URL	https://github.com/LuyiTian/scPipe
BugReports	https://github.com/LuyiTian/scPipe
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	scPipe_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	scPipe_1.10.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	scPipe_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scPipe
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/scPipe
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/scPipe/
软件包下载报告	下载数据