Scmerge
doi：10.18129/b9.bioc.scmerge
此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅Scmerge。
Scmerge：合并多批SCRNA-SEQ数据
生物导体版本：3.11
像所有基因表达数据一样，单细胞RNA-SEQ（SCRNA-SEQ）数据遭受批处理效应和其他不必要的变化，使准确的生物学解释变得困难。Scmerge方法利用因子分析，稳定表达的基因（SEG）和（伪 - ）重复以消除不必要的变化并合并多个SCRNA-SEQ数据。该软件包包含Scmerge管道中的所有必要功能，包括识别SEG，复制识别方法以及SCRNA-SEQ数据的合并。
作者：Kevin Wang [AUT，CRE]，Yingxin Lin [AUT]，悉尼生物信息学和生物识别学集团[FND]
维护者：kevin wang
引用（从r内，输入引用（“ Scmerge”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ scmerge”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Scmerge”）
| html | R脚本 | Scmerge |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 批处理效应，，，，基因表达，，，，正常化，，，，rnaseq，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录组学 |
| 版本 | 1.4.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.9（R-3.6）（1。5年） |
| 执照 | GPL-3 |
| 要看 | R（> = 3.6.0） |
| 进口 | 生物比较，，，，生物兴奋，，，，簇，，，，延迟，，，，延迟的matrixstats，，，，干扰，，，，dplyr，，，，Igraph，，，，M3Drop（> = 1.9.4），并行，pdist，，，，代理人，，，，RCPP（> = 0.12.18），rcppeigen（> = 0.3.3.4.0），鲁夫，，，，S4VECTORS（> = 0.23.19），Singlecellexperiment（> = 1.7.3），总结性特征 |
| 链接 | RCPP（> = 0.12.18），rcppeigen，，，，测试 |
| 建议 | 生物使用，，，，COVR，，，，HDF5Array，，，，尼特，，，，矩阵，，，，rmarkDown，，，，秤，，，，评分，，，，测试，，，，獾 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | https://github.com/sydneybiox/scmerge |
| BugReports | https://github.com/sydneybiox/scmerge/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | scmerge_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | scmerge_1.4.0.zip（32-和64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | scmerge_1.4.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scmerge |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/scmerge |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/scmerge/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
