Scmerge

doi:10.18129/b9.bioc.scmerge

此软件包适用于3.11版的生物导体;对于稳定的最新版本,请参阅Scmerge

Scmerge:合并多批SCRNA-SEQ数据

生物导体版本:3.11

像所有基因表达数据一样,单细胞RNA-SEQ(SCRNA-SEQ)数据遭受批处理效应和其他不必要的变化,使准确的生物学解释变得困难。Scmerge方法利用因子分析,稳定表达的基因(SEG)和(伪 - )重复以消除不必要的变化并合并多个SCRNA-SEQ数据。该软件包包含Scmerge管道中的所有必要功能,包括识别SEG,复制识别方法以及SCRNA-SEQ数据的合并。

作者:Kevin Wang [AUT,CRE],Yingxin Lin [AUT],悉尼生物信息学和生物识别学集团[FND]

维护者:kevin wang

引用(从r内,输入引用(“ Scmerge”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ scmerge”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Scmerge”)

html R脚本 Scmerge
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 批处理效应,,,,基因表达,,,,正常化,,,,rnaseq,,,,测序,,,,Singlecell,,,,软件,,,,转录组学
版本 1.4.0
在生物导体中 Bioc 3.9(R-3.6)(1。5年)
执照 GPL-3
要看 R(> = 3.6.0)
进口 生物比较,,,,生物兴奋,,,,,,,,延迟,,,,延迟的matrixstats,,,,干扰,,,,dplyr,,,,Igraph,,,,M3Drop(> = 1.9.4),并行,pdist,,,,代理人,,,,RCPP(> = 0.12.18),rcppeigen(> = 0.3.3.4.0),鲁夫,,,,S4VECTORS(> = 0.23.19),Singlecellexperiment(> = 1.7.3),总结性特征
链接 RCPP(> = 0.12.18),rcppeigen,,,,测试
建议 生物使用,,,,COVR,,,,HDF5Array,,,,尼特,,,,矩阵,,,,rmarkDown,,,,,,,,评分,,,,测试,,,,
系统要求
增强
URL https://github.com/sydneybiox/scmerge
BugReports https://github.com/sydneybiox/scmerge/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 scmerge_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 scmerge_1.4.0.zip(32-和64位)
MacOS 10.13(高山脉) scmerge_1.4.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/scmerge
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/scmerge
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/scmerge/
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