此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见重新计票.
Bioconductor版本:3.11
在https://jhubiostatistics.shinyapps.io/recount/上可以查看和下载重新计票项目的数据。使用重新计数包,您可以下载基因,外显子或外显子-外显子连接水平的rangedsummarizeexperimental对象,原始计数,所使用的表型元数据,特定研究的样本覆盖率bigWig文件或平均覆盖率bigWig文件的url。rangedsummarizeexperiment对象可以被不同的包用于执行差异表达式分析。使用//www.anjoumacpherson.com/packages/derfinder,您可以使用来自重新计数项目的数据执行与注释无关的差异表达式分析,如http://www.nature.com/nbt/journal/v35/n4/full/nbt.3838.html所述。
作者:Leonardo Collado-Torres [aut, cre]、阿比纳夫·内洛尔[ctb],安德鲁·e·杰夫[ctb],玛格丽特·a·陶博[ctb],凯·卡默斯[ctb],香农·e·埃利斯[ctb],卡斯珀·丹尼尔·汉森[ctb],本·朗米德[ctb], Jeffrey T. Leek [aut, ths]
维护者:Leonardo Collado-Torres
引文(从R内,输入引用(“讲述”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" reload ")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“讲述”)
超文本标记语言 | R脚本 | 基本的DESeq2结果探索 |
超文本标记语言 | R脚本 | 重新计票快速入门指南 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 报道,DataImport,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件 |
版本 | 1.14.0 |
在Bioconductor | BioC 3.4 (R-3.3)(4年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 3.3.0),SummarizedExperiment |
进口 | BiocParallel,derfinder,下载器,GEOquery,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges、方法、RCurl,rentrez,rtracklayer(> = 1.35.3),S4Vectors,统计,效用 |
链接 | |
建议 | AnnotationDbi,BiocManager,BiocStyle(> = 2.5.19),DESeq2,sessioninfo,EnsDb.Hsapiens.v79,GenomicFeaturesknitcitations,knitr(> = 1.6),org.Hs.eg.dbRefManageR,regionReport(> = 1.9.4),rmarkdown(> = 0.9.5),testthat(> =魅惑,covr,pheatmap |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/leekgroup/recount |
BugReports | https://support.bioconductor.org/t/recount/ |
全靠我 | |
进口我 | psichomics,recountWorkflow,RNAAgeCalc |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | recount_1.14.0.tar.gz |
Windows二进制 | recount_1.14.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | recount_1.14.0.tgz |
源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/recount |
源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ reload |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/recount/ |
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