rcellminer

DOI:10.18129 / B9.bioc.rcellminer

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见rcellminer．

rcellminer: NCI-60细胞系的分子特征、药物反应和化学结构

Bioconductor版本:3.11

几十年来，NCI-60癌细胞系面板一直被用作抗癌药物筛选。该小组是作为美国国家癌症研究所(NCI)的发育治疗计划(DTP, http://dtp.nci.nih.gov/)的一部分而开发的。在NCI-60上已经测试了数千种化合物，这些化合物已被许多平台广泛表征，包括基因和蛋白质表达、拷贝数、突变等(Reinhold, et al.， 2012)。CellMiner项目(http://discover.nci.nih.gov/ CellMiner)的目的是整合用于分析NCI-60的多个平台的数据，并为探索NCI-60数据提供一套强大的工具。

作者:Augustin Luna, Vinodh Rajapakse, Fabricio Sousa

维护者:Augustin Luna ， Vinodh Rajapakse < Vinodh。rajapakse at nih.gov>， Fathi Elloumi < Fathi。Elloumi在nih.gov>报道

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("rcellminer")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“rcellminer”)

超文本标记语言	R脚本	使用rcellminer
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBasedAssays，Cheminformatics，CopyNumberVariation，GeneExpression，遗传药理学，药物基因组学，软件，SystemsBiology，可视化，aCGH，microrna的
版本	2.10.2
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(5.5年)
许可证	LGPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 3.2)，Biobase，rcellminerData(> = 2.0.0)
进口	stringr，gplots，ggplot2，方法，统计，utils，闪亮的
链接
建议	knitr，RColorBrewer，sqldf，BiocGenerics，testthat，BiocStyle，jsonlite，的热图，glmnet，foreach，doSNOW、并行
SystemRequirements
增强了
URL	http://discover.nci.nih.gov/cellminer/
全靠我
进口我
建议我	rcellminerData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	rcellminer_2.10.2.tar.gz
Windows二进制	rcellminer_2.10.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	rcellminer_2.10.2.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rcellminer
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/rcellminer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rcellminer/
软件包下载报告	下载数据