rCGH

DOI:10.18129 / B9.bioc.rCGH

此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见rCGH．

基于数组的CGH数据分析与可视化综合管道

Bioconductor版本:3.11

用于分析和交互可视化通过商业或定制aCGH阵列生成的基因组图谱的综合管道。rCGH支持从ChAS或Affymetrix Power Tools导出的Agilent 44 ~ 400K双色特征提取文件(.txt)、Affymetrix SNP6.0和cytoScanHD probset .txt、cychp.txt和cnchp.txt文件作为输入。rCGH还支持自定义数组，只要数据符合预期的格式。这个包接管了个人基因组配置文件分析所需的所有步骤，从读取文件到配置文件分割和基因注释。这个包还提供了几个可视化函数(静态的或交互式的)，这些函数有助于解释各个概要文件。输入文件可以是压缩格式，例如.bz2或.gz。

作者:弗雷德里克·科莫[aut, cre]

维护者:Frederic Commo

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("rCGH")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“rCGH”)

PDF	R脚本	使用rCGH包
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文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，FeatureExtraction，预处理，软件，aCGH
版本	1.18.0
在Bioconductor公司	BioC 3.2 (R-3.2)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.4)，方法，统计，utils，图形
进口	plyr，DNAcopy，晶格，ggplot2、网格闪亮的(> = 0.11.1),limma，affy，mclust，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，org.Hs.eg.db，GenomicFeatures，GenomeInfoDb，GenomicRanges，AnnotationDbi平行,IRangesgrDevices,aCGH
链接
建议	BiocStyle，knitr，BiocGenerics，RUnit
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/fredcommo/rCGH
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	rCGH_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	rCGH_1.18.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	rCGH_1.18.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/rCGH
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/rCGH
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/rCGH/
软件包下载报告	下载数据