r3Cseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.r3Cseq

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见r3Cseq

染色体构象捕获分析和下一代测序(3C-seq)

Bioconductor版本:3.11

该包用于3C-seq分析的长时间染色质相互作用的分析。

作者:Supat Thongjuea, MRC WIMM计算生物学中心,Weatherall分子医学研究所,牛津大学,英国< Supat。Thongjuea在im .ox.ac.uk>

维护者:Supat Thongjuea < Supat。Thongjuea在im .ox.ac.uk>or

引文(从R内,输入引用(“r3Cseq”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“r3Cseq”)

PDF R脚本 r3Cseq
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 预处理测序软件
版本 1.34.0
在Bioconductor BioC 2.9 (R-2.14)(9年)
许可证 GPL-3
取决于 GenomicRangesRsamtoolsrtracklayerVGAMqvalue
进口 方法,GenomeInfoDbIRangesBiostringsdata.tablesqldfRColorBrewer
链接
建议 BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9.maskedBSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10.maskedBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg18.maskedBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.maskedBSgenome.Rnorvegicus.UCSC.rn5.masked
SystemRequirements
增强了
URL http://r3cseq.genereg.nethttps://github.com/supatt-lab/r3Cseq/
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 r3Cseq_1.34.0.tar.gz
Windows二进制 r3Cseq_1.34.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) r3Cseq_1.34.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/r3Cseq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/r3Cseq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/r3Cseq/
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