QSEA

doi:10.18129/b9.bioc.qsea

此软件包适用于3.11版的生物导体;对于稳定的最新版本,请参阅QSEA

IP-seq数据分析和远程化

生物导体版本:3.11

QSEA(定量测序富集分析)作为MEDIPS软件包的继任者,用于分析源自甲基化DNA免疫沉淀(MEDIP)实验的数据,然后进行测序(MEDIP-SEQ)。但是,QSEA提供了几种功能,用于分析其他类型的定量测序数据(例如chip-seq,mbd-seq,cms-seq等),包括计算样品组之间的差异富集。

作者:Matthias Lienhard,Lukas Chavez,Ralf Herwig

维护者:MATTHIAS LIENHARD

引用(从r内,输入引用(“ QSEA”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ qsea”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ QSEA”)

html R脚本 QSEA
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 chipseq,,,,芯片奇普,,,,库务,,,,CPGISLAND,,,,DNAMETHYLATY,,,,差甲基化,,,,正常化,,,,预处理,,,,QualityControl,,,,测序,,,,软件,,,,可视化
版本 1.14.0
在生物导体中 Bioc 3.4(R-3.3)(4年)
执照 GPL(> = 2)
要看 R(> = 3.5)
进口 生物弦,图形,gtools,方法,统计,utils,hmmcopy,,,,rtracklayer,,,,BSGENOME,,,,基因组机,,,,rsamtools,,,,iranges,,,,林玛,,,,GenomeInfodB,,,,生物基因,grdevices,动物园,,,,生物比较,,,,克恩斯门茶,,,,大量的
链接
建议 bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,Medipsdata,,,,测试,,,,生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,生物管理器
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 QSEA_1.14.0.TAR.GZ
Windows二进制 QSEA_1.14.0.zip(32-和64位)
MacOS 10.13(高山脉) QSEA_1.14.0.TGZ
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qsea
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/qsea
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/qsea/
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