QSEA
doi：10.18129/b9.bioc.qsea
此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅QSEA。
IP-seq数据分析和远程化
生物导体版本：3.11
QSEA（定量测序富集分析）作为MEDIPS软件包的继任者，用于分析源自甲基化DNA免疫沉淀（MEDIP）实验的数据，然后进行测序（MEDIP-SEQ）。但是，QSEA提供了几种功能，用于分析其他类型的定量测序数据（例如chip-seq，mbd-seq，cms-seq等），包括计算样品组之间的差异富集。
作者：Matthias Lienhard，Lukas Chavez，Ralf Herwig
维护者：MATTHIAS LIENHARD
引用（从r内，输入引用（“ QSEA”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ qsea”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ QSEA”）
| html | R脚本 | QSEA |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | chipseq，，，，芯片奇普，，，，库务，，，，CPGISLAND，，，，DNAMETHYLATY，，，，差甲基化，，，，正常化，，，，预处理，，，，QualityControl，，，，测序，，，，软件，，，，可视化 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.4（R-3.3）（4年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | R（> = 3.5） |
| 进口 | 生物弦，图形，gtools，方法，统计，utils，hmmcopy，，，，rtracklayer，，，，BSGENOME，，，，基因组机，，，，rsamtools，，，，iranges，，，，林玛，，，，GenomeInfodB，，，，生物基因，grdevices，动物园，，，，生物比较，，，，克恩斯门茶，，，，大量的 |
| 链接 | |
| 建议 | bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，Medipsdata，，，，测试，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，生物管理器 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | QSEA_1.14.0.TAR.GZ |
| Windows二进制 | QSEA_1.14.0.zip（32-和64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | QSEA_1.14.0.TGZ |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/qsea |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/qsea |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/qsea/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
