pwOmics

DOI:10.18129 / B9.bioc.pwOmics

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅pwOmics。

Pathway-based组学数据的数据集成

Bioconductor版本:3.11

pwOmics执行pathway-based level-specific数据比较匹配的组学数据集基于pre-analysed指定列表的微分/成绩单和磷蛋白质的基因。phosphoproteomic数据的一个单独的下游分析包括路径识别、转录因子识别和目标基因识别反对上游分析从基因或转录信息作为依据确定上游转录因子和潜在的蛋白质组监管机构。跨平台的比较分析允许单个时间点实验的综合分析和时间序列的实验为数据集成提供了静态和动态分析工具。此外,它提供了功能来识别个人信号基于数据集成的轴。

作者:阿斯特丽德韦希特尔<阿斯特丽德。韦希特尔在med.uni-goettingen.de >

维护人员:麻仁Sitte <麻仁。在med.uni-goettingen.de Sitte >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“pwOmics”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSignaling,GeneTarget,软件,SystemsBiology,转录
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(5.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.2)
进口	data.table,rBiopaxParser,igraph,STRINGdb、图形、gplots,Biobase,BiocGenerics,AnnotationDbi,biomaRt,AnnotationHub,GenomicRanges,图,统计grDevices跑龙套
链接
建议	ebdbNet,纵向,Mfuzz
SystemRequirements
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	pwOmics_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	pwOmics_1.20.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	pwOmics_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pwOmics
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ pwOmics
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pwOmics/
包下载报告	下载数据