psichomics

DOI:10.18129 / B9.bioc.psichomics

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见psichomics．

可选剪接量化、分析和可视化的图形界面

Bioconductor版本:3.11

交互式R包，具有直观的基于shiny的图形界面，用于基于癌症基因组图谱(TCGA)、基因型-组织表达项目(GTEx)、序列读取档案(SRA)和用户提供的数据的替代剪接量化和替代剪接和基因表达的综合分析。该工具可交互执行生存、降维、基于中位数和方差的差异剪接和基因表达分析，受益于临床和分子样本相关特征(如肿瘤分期或生存期)的结合。还包括对所选剪接事件的基因组图谱和功能注释的交互式可视化访问。

作者:Nuno Saraiva-Agostinho [aut, cre]，努诺语Luís巴博萨-莫莱斯[aut, lead, ths]， André Falcão [ths]， Lina Gallego Paez [ctb]， Marie Bordone [ctb]， Teresa Maia [ctb]， Mariana Ferreira [ctb]， Ana Carolina Leote [ctb]， Bernardo de Almeida [ctb]

维护者:Nuno Saraiva-Agostinho < nnodanielagostinho at gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("psichomics")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“psichomics”)

超文本标记语言	R脚本	案例研究:命令行界面(CLI)教程
超文本标记语言	R脚本	案例研究:视觉界面
超文本标记语言	R脚本	加载SRA、VAST-TOOLS和用户提供的RNA-seq数据
超文本标记语言	R脚本	准备一个可选的剪接注释
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing，BiomedicalInformatics，DifferentialExpression，DifferentialSplicing，GUI，GeneExpression，ImmunoOncology，MultipleComparison，PrincipalComponent，RNASeq，测序，软件，生存，转录，转录组，可视化
版本	1.14.4
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(4年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)，闪亮的(> = 1.5.0),shinyBS
进口	AnnotationDbi，AnnotationHub，BiocFileCache，集群，colourpicker，data.table，消化，dplyr，DT(> = 0.2),刨边机，fastICA，fastmatch，ggplot2，ggrepel，图形，grDevices，highcharter(> = 0.5.0),htmltools，httr，jsonlite，limma，pairsD3，plyr，Rcpp(> = 0.12.14),重新计票，Rfast，R.utils，reshape2，shinyjs，stringr统计数据,SummarizedExperiment，生存，工具，utils，XML，xtable、方法、org.Hs.eg.db
链接	Rcpp
建议	testthat，knitr平行,devtools，rmarkdown，gplots，covr，车，rstudioapi，拼写
SystemRequirements
增强了
URL	https://nuno-agostinho.github.io/psichomics/https://github.com/nuno-agostinho/psichomics/
BugReports	https://github.com/nuno-agostinho/psichomics/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	psichomics_1.14.4.tar.gz
Windows二进制	psichomics_1.14.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	psichomics_1.14.4.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/psichomics
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/psichomics
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/psichomics/
软件包下载报告	下载数据