profileplyr

DOI:10.18129 / B9.bioc.profileplyr

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见profileplyr．

用profileplyr在基因组范围内读取信号的可视化和注释

Bioconductor版本:3.11

基因组区间内读取信号的快速直接可视化是从测序数据集(例如ChIP-seq, ATAC-seq，亚硫酸氢盐/甲基seq)生成假设的关键。R和Bioconductor内部和外部的许多工具都可用于研究这些类型的数据，它们通常以bigWig或BAM文件开始，以信号的一些表示形式(例如热图)结束。profileplyr利用了许多Bioconductor工具，在以读取信号可视化结束的工作流中提供灵活性和额外的功能。

作者:汤姆·卡罗尔和道格·巴罗斯

维护者:Tom Carroll ， Doug Barrows < Doug。Barrows在gmail.com>

安装

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如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("profileplyr")

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文档

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browseVignettes(“profileplyr”)

超文本标记语言	R脚本	用profileplyr在基因组范围内读取信号的可视化和注释
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文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，ChipOnChip，报道，DataImport，测序，软件
版本	3
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(1.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 3.6)，BiocGenerics，SummarizedExperiment
进口	GenomicRanges统计数据,soGGi，方法，utils，S4Vectors，R.utils，dplyr，magrittr，tidyr，IRanges，rjson，ChIPseeker，GenomicFeatures，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene，TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，rGREAT，pheatmap，EnrichedHeatmap，ComplexHeatmap、网格circlize，BiocParallel，rtracklayer，GenomeInfoDb
链接
建议	BiocStyle，testthat，knitr，rmarkdown，png，Rsamtools，ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

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源包	profileplyr_1.4.3.tar.gz
Windows二进制	profileplyr_1.4.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	profileplyr_1.4.3.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/profileplyr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/profileplyr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/profileplyr/
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