proFIA

DOI:10.18129 / B9.bioc.proFIA

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅proFIA。

FIA-HRMS数据的预处理

Bioconductor版本:3.11

流动注射分析耦合的高分辨率质谱高通量代谢组学是一种很有前途的方法。然而,FIA -,8经数据不能与当前软件工具进行预处理,它依赖于液相色谱分离,或只处理低分辨率数据。我们现在proFIA包,它实现了一种新的预处理方法FIA-HRMS原始数据(netCDF, mzData、mzXML mzML)包括噪声建模和注入峰值重建,并生成峰值表。工作流包括噪声造型,带检测和过滤然后信号匹配和缺失值归责。峰值表可以导出为. tsv文件进行进一步分析。可视化效果评估的质量数据和信号的缓解。

作者:亚历克西斯Delabriere和艾蒂安Thevenot。

维护人员:亚历克西斯Delabriere < alexis.delabriere在outlook.fr >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“proFIA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“proFIA”)

HTML	R脚本	处理FIA-HRMS数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	Lipidomics,MassSpectrometry,代谢组学,PeakDetection,预处理,蛋白质组学,软件
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(4年)
许可证	CeCILL
取决于	R (> = 2.5.0),xcms
进口	统计数据、图形、跑龙套,grDevices、方法pracma,Biobase,minpack.lm,BiocParallel,missForest,ropls
链接
建议	BiocGenerics,plasFIA,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	plasFIA
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	proFIA_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	proFIA_1.14.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	proFIA_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/proFIA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ proFIA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/proFIA/
包下载报告	下载数据