podkat
doi：10.18129/b9.bioc.podkat
此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅podkat。
位置依赖性内核协会测试
生物导体版本：3.11
该软件包提供了一个能够处理非常稀有甚至私人变体的关联测试。这是通过基于内核的方法来完成的，该方法考虑了变体的位置。该测试可用于预处理的矩阵数据，也可以直接用于存储在VCF文件中的变体数据。可以对整个基因组，全外观或仅限于预定义的感兴趣区域进行关联测试。该测试通过用于分析和可视化结果的工具补充。
作者：Ulrich Bodenhofer
维护者：ulrich bodenhofer
引用（从r内，输入引用（“ Podkat”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ podkat”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Podkat”）
| R脚本 | podkat-涉及稀有和私人变体的关联测试的R软件包 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 注解，，，，DataImport，，，，遗传学，，，，测序，，，，软件，，，，变体，，，，全媒体 |
| 版本 | 1.20.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.1（R-3.2）（5。5年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | r（> = 3.2.0），方法，rsamtools（> = 1.99.1），基因组机 |
| 进口 | RCPP（> = 0.11.1），并行，统计，图形，grdevices，utils，生物酶，，，，生物基因，，，，矩阵，，，，GenomeInfodB，，，，iranges，，，，生物弦，，，，BSGENOME（> = 1.32.0） |
| 链接 | RCPP，，，，Rhtslib（> = 1.15.3） |
| 建议 | bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38.masked，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg38.nown，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10.masked，，，，Gwastools（> = 1.13.24），变体，，，，总结性特征，，，，尼特 |
| 系统要求 | gnu做 |
| 增强 | |
| URL | http://www.bioinf.jku.at/software/podkat/https://github.com/ubod/podkat |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | podkat_1.20.0.tar.gz |
| Windows二进制 | podkat_1.20.0.zip（32-和64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | podkat_1.20.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/podkat |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/podkat |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/podkat/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
