这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅peco。
Bioconductor版本:3.11
我们的方法提供了一种方法来分配连续的细胞周期阶段使用scRNA-seq数据,因此,可以确定循环沿着细胞周期基因表达水平的趋势。这个包提供了方法和训练数据,包括scRNA-seq收集的数据从6个人细胞系的诱导多能干细胞(万能),并连续细胞周期阶段来自FUCCI荧光成像数据。
作者:Chiaowen乔伊斯·萧(aut (cre),马修•斯蒂芬斯(aut)约翰Blischak[所有]彼得Carbonetto(施)
维护人员:Chiaowen乔伊斯萧<乔伊斯。在gmail.com hsiao1 >
从内部引用(R,回车引用(“peco”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“peco”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“peco”)
HTML | R脚本 | 使用peco预测细胞周期阶段的一个例子 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 分类,GeneExpression,RNASeq,测序,SingleCell,软件,StatisticalMethod,转录组,可视化 |
版本 | 1.0.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.11 (r - 4.0)(0.5年) |
许可证 | GPL (> = 3) |
取决于 | R (> = 2.10) |
进口 | 为了,圆形,conicfit,doParallel,foreach,genlasso(> = 1.4)、图形方法,平行,嘘,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment统计,跑龙套 |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/jhsiao999/peco |
BugReports | https://github.com/jhsiao999/peco/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | peco_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | peco_1.0.0.zip |
macOS 10.13(高山脉) | peco_1.0.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/peco |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ peco |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/peco/ |
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