pcaMethods

DOI:10.18129 / B9.bioc.pcaMethods

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见pcaMethods．

PCA方法的集合

Bioconductor版本:3.11

提供贝叶斯PCA，概率PCA, Nipals PCA，逆非线性PCA和传统的SVD PCA。其中包括基于聚类的缺失值估计方法，以供比较。BPCA, PPCA和NipalsPCA可用于对不完整数据进行PCA，以及准确的缺失值估计。还提供了一套打印和绘制结果的方法。所有的PCA方法都使用相同的数据结构(pcaRes)来为PCA结果提供一个公共接口。由德国戈姆的马克斯-普朗克分子植物生理学研究所发起。

作者:Wolfram Stacklies, Henning Redestig, Kevin Wright

维护者:Henning Redestig < Henning。红色在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("pcaMethods")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“pcaMethods”)

PDF	R脚本	带有异常值的数据
PDF	R脚本	简介
PDF	R脚本	缺失价值估算
PDF		参考手册

细节

biocViews	贝叶斯，软件
版本	1.80.0
在Bioconductor	BioC 1.9 (R-2.4)(14年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	Biobase、方法
进口	BiocGenerics，Rcpp(> = 0.11.3),质量
链接	Rcpp
建议	matrixStats，晶格，ggplot2
SystemRequirements	Rcpp
增强了
URL	https://github.com/hredestig/pcamethods
BugReports	https://github.com/hredestig/pcamethods/issues
全靠我	DeconRNASeq
进口我	CompGO，consensusDE，DAPAR，命运，弗雷泽，MSnbase，先驱者，PanVizGenerator，pmp，scde，SomaticSignatures
建议我	MsCoreUtils，mtbls2
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	pcaMethods_1.80.0.tar.gz
Windows二进制	pcaMethods_1.80.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	pcaMethods_1.80.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pcaMethods
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/pcaMethods
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/pcaMethods/
软件包下载报告	下载数据