OpenPrimer

doi:10.18129/b9.bioc.openprimer

此软件包适用于3.11版的生物导体;对于稳定的最新版本,请参阅OpenPrimer

多重PCR引物设计和分析

生物导体版本:3.11

设计,评估和比较多重PCR的引物集的方法。引物是通过解决集盖问题来设计的,以便用最小的一组引物组对覆盖的模板序列的数量最大化。为了确保生成高质量的引物,只选择了对其物理化学特性的底漆。“ OpenPrimerui”软件包提供了一个为该软件包功能提供用户界面的闪亮应用程序。

作者:MatthiasDöring[AUT,CRE],Nico Pfeifer [aut]

维护者:MatthiasDöring的Matthias-Doering>

引用(从r内,输入引用(“ openprimer”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ openprimer”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ OpenPrimer”)

html R脚本 OpenPrimer
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 覆盖范围,,,,多重组合,,,,软件,,,,技术
版本 1.10.4
在生物导体中 Bioc 3.6(R-3.4)(3年)
执照 GPL-2
要看 R(> = 4.0)
进口 生物弦(> = 2.38.4),XML(> = 3.98-1.4),(> = 0.4.0),RESHAPE2(> = 1.4.1),seqinr(> = 3.3-3),iranges(> = 2.4.8),基因组机(> = 1.22.4),GGPLOT2(> = 2.1.0),plyr(> = 1.8.4),dplyr(> = 0.5.0),字符串(> = 0.9.4.1),Stringr(> = 1.0.0),rcolorbrewer(> = 1.1-2),解码(> = 1.16.1),lpsolveapi(> = 5.5.2.0-17),消化(> = 0.6.9),HMISC(> = 3.17-4),(> = 3.5),生物基因(> = 0.16.1),S4VECTORS(> = 0.8.11),foreach(> = 1.4.3),马格里特(> = 1.5),干扰(> = 2.6),DISTREX(> = 2.6),fitdistrplus(> = 1.0-7),uniqtag(> = 1.0),OpenXLSX(> = 4.0.17),网格(> = 3.1.0),grdevices(> = 3.1.0),stats(> = 3.1.0),utils(> = 3.1.0),方法(> = 3.1。0)
链接
建议 测试(> = 1.0.2),尼特(> = 1.13),rmarkDown(> = 1.0),DevTools(> = 1.12.0),多帕尔(> = 1.0.10),潘德(> = 0.6.0),学习(> = 0.9)
系统要求 mafft(> = 7.305),寡头(> = 3.8),viennarna(> = 2.4.1),熔化(> = 5.1.1),pandoc(> = 1.12.3)
增强
URL
取决于我 OpenPrimerui
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 OpenPrimer_1.10.4.4.tar.gz
Windows二进制 OpenPrimer_1.10.4.4.zip
MacOS 10.13(高山脉) OpenPrimer_1.10.4.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/openprimer
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/openprimer
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/openprimer/
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