oncomix

DOI:10.18129 / B9.bioc.oncomix

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅oncomix

识别基因过表达在肿瘤从Tumor-Normal mRNA表达数据的子集

Bioconductor版本:3.11

这个包可以帮助识别mrna在子集的肿瘤相对于正常组织。理想输入将成对tumor-normal数据来自同一组织许多患者(> 15双)。这种无监督的方法依赖于观察,致癌基因是典型的在人群中只有一个子集的肿瘤,并可能有助于确定致癌基因完全基于候选人mRNA表达差异以前未知的亚型。

作者:约翰•Greally丹尼尔·皮克杰西卡Mar

维护人员:丹尼尔皮克<丹尼尔。皮克在med.einstein.yu.edu >

从内部引用(R,回车引用(“oncomix”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“oncomix”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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细节

biocViews GeneExpression,测序,软件
版本 1.10.0
Bioconductor自 BioC 3.6 (r - 3.4)(3年)
许可证 GPL-3
取决于 R (> = 3.4.0)
进口 ggplot2,ggrepel,RColorBrewer,mclust统计数据,SummarizedExperiment
链接
建议 knitr,rmarkdown,testthat,RMySQL
SystemRequirements
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 oncomix_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 oncomix_1.10.0.zip
macOS 10.13(高山脉) oncomix_1.10.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/oncomix
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ oncomix
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/oncomix/
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