npGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.npGSEA

此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见npGSEA．

基因集富集分析的排列逼近方法(非排列GSEA)

Bioconductor版本:3.11

目前的基因集富集方法依赖于排列推理。这些方法的计算成本很高，而且其可达到的最小p值是基于排列的数量，而不是基于实际观察到的统计数据。我们导出了两个基因集富集试验统计量的排列分布的三个参数近似。我们能够通过我们的方法减少排列测试的计算负担和粒度问题，该方法在这个包中实现。npGSEA计算基因集富集统计数据和p值，而不需要排列的计算成本。它适用于对一个或多个基因集感兴趣的环境。还有内置的绘图功能，帮助用户可视化结果。

作者:杰西卡·拉森和阿尔特·欧文

维护者:杰西卡·拉尔森<拉尔森。杰茜在gmail.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“npGSEA”)

PDF	R脚本	使用“npGSEA”软件包运行基因集富集分析
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneSetEnrichment，微阵列，通路，软件，StatisticalMethod
版本	1.24.0
在Bioconductor公司	BioC 2.14 (R-3.1)(6.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GSEABase(> = 1.24.0)
进口	Biobase、方法、BiocGenerics、图形、统计
链接
建议	所有，genefilter，limma，hgu95av2.db，ReportingTools，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	npGSEA_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	npGSEA_1.24.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	npGSEA_1.24.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/npGSEA
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/npGSEA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/npGSEA/
软件包下载报告	下载数据