multiHiCcompare

DOI:10.18129 / B9.bioc.multiHiCcompare

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅multiHiCcompare

规范化和检测高c数据集之间的差异当复制的每个实验条件是可用的

Bioconductor版本:3.11

multiHiCcompare为关节提供功能正常化和差分检测在多个高c数据集。这个扩展的原始HiCcompare包现在允许高c实验有超过2组每组和多个样本。multiHiCcompare作用于处理高c数据稀疏的上三角矩阵的形式。它接受四列(染色体,region1 region2,如果)制表符分隔的文本文件存储染色质交互矩阵。multiHiCcompare快速提供循环黄土和黄土(fastlo)方法适应共同规范高c数据。此外,它提供了一个通用线性模型(GLM)框架刨边机包适应检测距离高c数据依赖的方式的差异。

作者:约翰•史坦斯费尔德(aut (cre),米哈伊尔•Dozmorov (aut)

维护人员:约翰•史坦斯费尔德在vcu.edu < stansfieldjc >

从内部引用(R,回车引用(“multiHiCcompare”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“multiHiCcompare”)

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文档

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PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews ,归一化,测序,软件
版本 1.6.0
Bioconductor自 BioC 3.8 (r - 3.5)(2年)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于 R (> = 3.5.0)
进口 data.table,dplyr,HiCcompare,刨边机,BiocParallel,qqman,pheatmap、方法、metap,GenomicRanges、图表、数据、跑龙套,pbapply,GenomeInfoDbData,BLMA,GenomeInfoDb
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建议 knitr,rmarkdown,testthat,BiocStyle
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包档案

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源包 multiHiCcompare_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 multiHiCcompare_1.6.0.zip
macOS 10.13(高山脉) multiHiCcompare_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multiHiCcompare
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ multiHiCcompare
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/multiHiCcompare/
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