multiClust

DOI:10.18129 / B9.bioc.multiClust

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅multiClust

multiClust: R-package识别生物相关的集群在癌症转录组配置文件

Bioconductor版本:3.11

聚类识别模式进行转录组配置文件来确定病人的临床相关的子组。特性(基因)选择是一个关键的和过程的一个组成部分。目前,有许多特征选择和聚类方法来确定样本的相关基因并执行聚类。然而,选择一个合适的方法是很困难的。此外,广泛的特征选择方法尚未支持的可用包。因此,我们开发了一个综合R-package叫multiClust允许研究人员试验相结合的方法的选择基因选择和集群轻松。使用multiClust,我们确定表现最佳的聚类方法在临床结果。我们的观察表明,简单的方法如variance-based排名表现良好在大多数数据集,提供适当数量的基因被选中。然而,不同的基因排序和选择方法仍然没有方法适用于所有相关研究。

作者:内森软件(aut (cre) Peiyong关(aut),亚历克Fabbri (aut) Krish Karuturi (aut) Joshy乔治(aut)

维护人员:内森Lawlor <内森。在gmail.com lawlor03 >

从内部引用(R,回车引用(“multiClust”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“multiClust”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

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HTML R脚本 multiClust指南
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文本 新闻

细节

biocViews 聚类,FeatureExtraction,GeneExpression,软件,生存
版本 1.18.0
Bioconductor自 BioC 3.3 (r - 3.3)(4.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于
进口 mclust,ctc,生存,集群,dendextend,北极监测和评估方案、图形grDevices
链接
建议 knitr,gplots,RUnit,BiocGenerics,preprocessCore,Biobase,GEOquery
SystemRequirements
增强了
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取决于我
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构建报告

包档案

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源包 multiClust_1.18.0.tar.gz
Windows二进制 multiClust_1.18.0.zip
macOS 10.13(高山脉) multiClust_1.18.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multiClust
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ multiClust
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/multiClust/
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