Motifbreakr

doi：10.18129/b9.bioc.motifbreakr

此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅Motifbreakr。

用于预测转录因子结合位点上单核苷酸多态性的破坏性的包装

生物导体版本：3.11

我们介绍了Motifbreakr，该主题允许生物学家首先判断多态性的序列是否是一个很好的匹配，而第二个相对于另一个多态性的等位基因，获得或丢失了多少信息。在以前的产品中，Motifbreakr既灵活又可扩展。提供了用户可以选择的公共资源图案的基因组询问算法的选择；这些是1）加权和概率矩阵，2）对数概率和3）通过相对熵加权。Motifbreakr可以预测公共数据库中新颖或先前描述的变体的效果，使其适合其原始设计范围之外的任务。最后，它可以用来询问生物导体中策划的任何基因组（目前有22个）。

作者：Simon Gert Coetzee [AUT，CRE]，Dennis J. Hazelett [AUT]

维护者：Simon Gert Coetzee

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ motifbreakr”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Motifbreakr”）

html	R脚本	Motifbreakr：介绍
PDF		参考手册

细节

生物浏览	chipseq，，，，图案，，，，软件，，，，可视化
版本	2.2.0
在生物导体中	Bioc 3.2（R-3.2）（5年）
执照	GPL-2
要看	r（> = 3.5.0），网格，主题
进口	方法，编译器，grdevices，格里姆波特，，，，Stringr，，，，生物基因，，，，S4VECTORS（> = 0.9.25），iranges，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，生物弦，，，，BSGENOME，，，，rtracklayer，，，，变体，，，，生物比较，，，，Motifstack，，，，GVIZ，，，，矩阵，，，，TFMPVALUE，，，，总结性特征
链接
建议	bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp.20120608，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp142.grch37，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，BSGENOME.DRERIO.UCSC.DANRER7，，，，生物使用
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/simon-coetzee/motifbreakr/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Motifbreakr_2.2.0.tar.gz
Windows二进制	Motifbreakr_2.2.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Motifbreakr_2.2.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifbreakr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/图案
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/motifbreakr/
软件包下载报告	下载统计