motifStack

DOI:10.18129 / B9.bioc.motifStack

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见motifStack．

绘制单个或多个DNA、RNA和氨基酸序列的堆叠logo

Bioconductor版本:3.11

motifStack包是为具有不同相似性分数的多个图案的图形表示而设计的。它适用于DNA/RNA序列motif和氨基酸序列motif。此外，它还为用户提供了自定义字体类型和符号颜色等图形参数的灵活性。

作者:欧建宏，Michael Brodsky, Scot Wolfe，朱丽华

维护者:欧建宏<建宏。你在duke.edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("motifStack")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“motifStack”)

超文本标记语言	R脚本	motifStack装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，ChIPSeq，ChIPchip，DataImport，微阵列，MotifAnnotation，SequenceMatching，测序，软件，可视化
版本	1.32.1
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(8年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(>= 2.15.1)，方法，grImport2、网格MotIV，ade4，Biostrings
进口	XML，尺度，htmlwidgets， grDevices, stats, stats4，图形，utils，ggplot2
链接
建议	RUnit，BiocGenerics，MotifDb，RColorBrewer，BiocStyle，knitr，httr，htmltools
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	generegulation
进口我	ATACseqQC，atSNP，dagLogo，LowMACA，motifbreakR，ribosomeProfilingQC，TCGAWorkflow
建议我	ChIPpeakAnno，TFutils，universalmotif
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	motifStack_1.32.1.tar.gz
Windows二进制	motifStack_1.32.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	motifStack_1.32.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifStack
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/motifStack
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/motifStack/
软件包下载报告	下载数据