motifStack

DOI:10.18129 / B9.bioc.motifStack

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见motifStack

绘制单个或多个DNA、RNA和氨基酸序列的堆叠logo

Bioconductor版本:3.11

motifStack包是为具有不同相似性分数的多个图案的图形表示而设计的。它适用于DNA/RNA序列motif和氨基酸序列motif。此外,它还为用户提供了自定义字体类型和符号颜色等图形参数的灵活性。

作者:欧建宏,Michael Brodsky, Scot Wolfe,朱丽华

维护者:欧建宏<建宏。你在duke.edu>

引文(从R内,输入引用(“motifStack”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("motifStack")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“motifStack”)

超文本标记语言 R脚本 motifStack装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 对齐ChIPSeqChIPchipDataImport微阵列MotifAnnotationSequenceMatching测序软件可视化
版本 1.32.1
在Bioconductor BioC 2.11 (R-2.15)(8年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R(>= 2.15.1),方法,grImport2、网格MotIVade4Biostrings
进口 XML尺度htmlwidgets, grDevices, stats, stats4,图形,utils,ggplot2
链接
建议 RUnitBiocGenericsMotifDbRColorBrewerBiocStyleknitrhttrhtmltools
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 generegulation
进口我 ATACseqQCatSNPdagLogoLowMACAmotifbreakRribosomeProfilingQCTCGAWorkflow
建议我 ChIPpeakAnnoTFutilsuniversalmotif
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 motifStack_1.32.1.tar.gz
Windows二进制 motifStack_1.32.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) motifStack_1.32.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/motifStack
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/motifStack
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/motifStack/
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  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网