missMethyl

DOI:10.18129 / B9.bioc.missMethyl

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见missMethyl．

分析Illumina人类甲基化珠片数据

Bioconductor版本:3.11

归一化、差异变异性和差异甲基化测试以及Illumina Infinium人类甲基化阵列数据的基因集测试。归一化过程是数组内的子分位数归一化(SWAN)，它允许在单个数组上的Infinium I和II类型探针一起归一化。差异可变性的检验是基于Levene检验的经验贝叶斯版本。差异甲基化测试使用RUV进行，它可以通过使用负控制探针来调整高维数据中未知来源的系统误差。基因本体分析是通过考虑阵列上每个基因的探针数量来进行的。

作者:Belinda Phipson和Jovana Maksimovic

维护者:Belinda Phipson < Belinda。phipson at mcri.edu.au>， Jovana Maksimovic < Jovana。maksimovic at petermac.org>， Andrew Lonsdale < Andrew。Lonsdale在petermac.org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("missMethyl")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“missMethyl”)

超文本标记语言	R脚本	missMethyl:分析Illumina人类甲基化珠片数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialMethylation，GeneSetEnrichment，GeneticVariability，GenomicVariation，MethylationArray，归一化，软件
版本	1.22.0
在Bioconductor	bio3.0 (R-3.1)(6年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.6.0)，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19
进口	AnnotationDbi，BiasedUrn，Biobase，BiocGenerics，GenomicRanges，GO.db，IlluminaHumanMethylation450kmanifest，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylationEPICmanifest，IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19，IRanges，limma、方法、methylumi，minfi，org.Hs.eg.db，ruv，S4Vectors，statmod，stringr，SummarizedExperiment
链接
建议	BiocStyle，刨边机，knitr，minfiData，rmarkdown，tweeDEseqCountData
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	methylationArrayAnalysis
进口我	冠军，DMRcate，餐，methylGSA
建议我	RnBeads
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	missMethyl_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	missMethyl_1.22.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	missMethyl_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/missMethyl
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ miss甲基
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/missMethyl/
软件包下载报告	下载数据