metagenomeSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.metagenomeSeq

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅metagenomeSeq

统计分析稀疏的高通量测序

Bioconductor版本:3.11

metagenomeSeq旨在确定功能(操作Taxanomic单元(OTU)、物种等)丰富的两个或两个以上的组之间不同的多个样本。metagenomeSeq旨在解决标准化和under-sampling微生物群落的影响对疾病协会检测和测试功能的相关性。

作者:约瑟夫•保尔森纳撒尼尔·内森·d·奥尔森他j . Braccia贾斯廷·瓦格纳Hisham Talukder,国王流行,赫克托耳Corrada布拉沃

维修工:约瑟夫·n·保尔森< jpaulson jimmy.harvard.edu >

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安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“metagenomeSeq”)

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文本 新闻

细节

biocViews 分类,聚类,DifferentialExpression,GeneticVariability,ImmunoOncology,宏基因组,微生物组,MultipleComparison,归一化,测序,软件,可视化
版本 1.30.0
Bioconductor自 BioC 2.12 (r - 3.0)(7.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.0),Biobase,limma,glmnet、方法、RColorBrewer
进口 平行,matrixStats,foreach,矩阵,gplots、图形、grDevices统计,跑龙套,扳手
链接
建议 注释,BiocGenerics,biomformat,knitr,gss,testthat(> = 0.8),素食主义者,interactiveDisplay,IHW
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/nosson/metagenomeSeq/
BugReports https://github.com/nosson/metagenomeSeq/issues
取决于我 etec16s,metavizr,msd16s
进口我 Maaslin2,microbiomeDASim
建议我 curatedMetagenomicData,interactiveDisplay,phyloseq,扳手
我的链接
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包档案

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源包 metagenomeSeq_1.30.0.tar.gz
Windows二进制 metagenomeSeq_1.30.0.zip
macOS 10.13(高山脉) metagenomeSeq_1.30.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/metagenomeSeq
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ metagenomeSeq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/metagenomeSeq/
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