maftools

DOI:10.18129 / B9.bioc.maftools

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见maftools．

总结，分析和可视化MAF文件

Bioconductor版本:3.11

分析和可视化大规模测序研究中的突变注释格式(MAF)文件。这个包提供了各种功能来执行癌症基因组学中最常用的分析，并以最小的工作量创建丰富的可定制可视化功能。

作者:Anand Mayakonda [aut, cre]

维护者:Anand Mayakonda

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("maftools")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“maftools”)

超文本标记语言	R脚本	01:总结，分析和可视化MAF文件
超文本标记语言	R脚本	02:自定义肿瘤
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类，DNASeq，DataRepresentation，DriverMutation，FeatureExtraction，FunctionalGenomics，测序，软件，SomaticMutation，生存，VariantAnnotation，可视化
版本	2.4.12
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(4年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.3)
进口	data.table，RColorBrewer方法，grDevices，生存
链接
建议	knitr，rmarkdown，BSgenome，Biostrings，NMF，mclust，berryFunctions
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/PoisonAlien/maftools
BugReports	https://github.com/PoisonAlien/maftools/issues
全靠我
进口我	TCGAbiolinksGUI，TCGAWorkflow
建议我	survtype，TCGAbiolinks
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	maftools_2.4.12.tar.gz
Windows二进制	maftools_2.4.12.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	maftools_2.4.12.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/maftools
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/maftools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/maftools/
软件包下载报告	下载数据