mCSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.mCSEA

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见mCSEA

甲基化CpGs集富集分析

Bioconductor版本:3.11

使用Illumina的450K或EPIC微阵列数据从人类基因组中识别预定义区域(启动子,CpG岛…)中的差异甲基化区域(DMRs)。提供基于线性模型对CpG探针进行排序的方法,并包括绘图函数。

作者:Jordi Martorell-Marugán和Pedro Carmona-Sáez

维护者:Jordi Martorell-Marugán

引文(从R内,输入引用(“mCSEA”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“mCSEA”)

PDF R脚本 预定义的DMRs识别与mCSEA包
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DNAMethylationDifferentialMethylation表观遗传学遗传学GenomeAnnotationImmunoOncologyMethylationArray微阵列MultipleComparison软件TwoChannel
版本 1.8.0
在Bioconductor BioC 3.7 (R-3.5)(2.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 3.5),mCSEAdataHomo.sapiens
进口 biomaRtfgseaGenomicFeaturesGenomicRangesggplot2,图形,grDevices,GvizIRangeslimma,方法,并行,S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议 BiobaseBiocGenericsBiocStyleFlowSorted.Blood.450kknitrleukemiasEsetminfiminfiDatarmarkdownRUnit
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源包 mCSEA_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 mCSEA_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) mCSEA_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mCSEA
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/mCSEA
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/mCSEA/
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