karyoploteR

DOI:10.18129 / B9.bioc.karyoploteR

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅karyoploteR

情节可定制的线性基因组显示任意数据

Bioconductor版本:3.11

karyoploteR创建核型块任意基因组和提供了一套完整的函数绘制任意数据。它模仿许多R基本图形函数耦合用坐标变化函数自动染色体和数据坐标映射到绘制坐标。除了提供的数据绘制功能,很容易添加新的。

作者:Bernat凝胶< bgel在igtp.cat >

维护人员:Bernat凝胶< bgel在igtp.cat >

从内部引用(R,回车引用(“karyoploteR”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“karyoploteR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“karyoploteR”)

HTML R脚本 karyoploteR装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews ChIPSeq,CopyNumberVariation,报道,DNASeq,DataImport,MethylSeq,OneChannel,测序,软件,可视化
版本 1.14.1
Bioconductor自 BioC 3.5 (r - 3.4)(3.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.4),地区,GenomicRanges、方法
进口 地区,GenomicRanges,IRanges,Rsamtools、统计数据、图表、memoise,rtracklayer,GenomeInfoDb,S4Vectors,biovizBase,消化,贝塞尔曲线,GenomicFeatures,bamsignals,AnnotationDbigrDevices,VariantAnnotation
链接
建议 BiocStyle,knitr,testthat,magrittr,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,pasillaBamSubset
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/bernatgel/karyoploteR
BugReports https://github.com/bernatgel/karyoploteR/issues
取决于我 CopyNumberPlots
进口我 CNVfilteR
建议我 类别
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 karyoploteR_1.14.1.tar.gz
Windows二进制 karyoploteR_1.14.1.zip
macOS 10.13(高山脉) karyoploteR_1.14.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/karyoploteR
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ karyoploteR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/karyoploteR/
包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请阅读发布指南。文章质疑Bioconductor到以下位置:

  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网