idr2d

DOI:10.18129 / B9.bioc.idr2d

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅idr2d。

不能复制的基因交互数据的发现率

Bioconductor版本:3.11

工具来衡量基因组之间的重现性实验,产生二维峰(峰)之间的相互作用,如ChIA-PET HiChIP,嗝。idr2d是原始印尼盾的扩展包,这是用于(一维)ChIP-seq峰值。

作者:康斯坦丁Krismer (cre aut, cph]大卫·吉福德(黑色,cph)

维护人员:康斯坦丁Krismer < Krismer mit.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“idr2d”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“idr2d”)

HTML	R脚本	从复制ChIA-PET识别可再生的基因相互作用实验
HTML	R脚本	确定可再生的基因山峰从复制ChIP-seq实验
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类,DNA3DStructure,表观遗传学,FunctionalGenomics,GeneRegulation,嗝,PeakDetection,软件
版本	1.2.2
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(1年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	dplyr(> = 0.7.6),futile.logger(> = 3),GenomeInfoDb(> = 1.14.0),GenomicRanges(> = 1.30),ggplot2(grDevices > = 3.1.1)印尼盾(> = 1.2),IRanges(> = 2.18.0),magrittr(> = 1.5)、方法网状(> = 1.13),尺度(> = 1.0.0),统计数据,stringr(> = 1.3.1),跑龙套
链接
建议	DT(> = 0.4),htmltools(> = 0.3.6),knitr(> = 1.20),rmarkdown(> = 1.10),roxygen2(> = 6.1.0),testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements	Python (> = 3.5.0), hic-straw
增强了
URL	https://idr2d.mit.edu
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	idr2d_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	idr2d_1.2.2.zip
macOS 10.13(高山脉)	idr2d_1.2.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/idr2d
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ idr2d
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/idr2d/
包下载报告	下载数据