iSEE

DOI:10.18129 / B9.bioc.iSEE

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅iSEE。

交互式SummarizedExperiment探险家

Bioconductor版本:3.11

创建一个交互式Shiny-based探索数据存储在SummarizedExperiment对象的图形用户界面,包括行和列级元数据。接口支持选择情节和表之间的传播,代码跟踪,互动,互动或初始化编程,维护应用程序状态,和可扩展性,通过S4类新面板类型。特别关注了单细胞SingleCellExperiment对象中的数据降维的可视化结果。

作者:凯文Rue-Albrecht (aut),费德里科•马里尼(aut),夏洛特Soneson (aut (cre)亚伦Lun (aut)

维护人员:夏洛特Soneson < charlottesoneson gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(iSEE)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (iSEE)

HTML	R脚本	1。iSEE用户指南
HTML	R脚本	2。ExperimentColorMap类
HTML	R脚本	3所示。配置iSEE应用
HTML	R脚本	4所示。部署自定义面板
HTML	R脚本	5。语音识别
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBasedAssays,聚类,DimensionReduction,FeatureExtraction,GUI,GeneExpression,ImmunoOncology,SingleCell,软件,转录,转录组,可视化
版本	2.0.0
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	SummarizedExperiment,SingleCellExperiment
进口	方法,BiocGenerics,S4Vectors,跑龙套,统计数据,闪亮的,shinydashboard,shinyAce,shinyjs,DT,rintrojs,ggplot2,colourpicker,igraph,vipor,mgcv、图形、grDevicesviridisLite,shinyWidgets,ComplexHeatmap,circlize
链接
建议	testthat,BiocStyle,knitr,rmarkdown,scRNAseq,嘘,DelayedArray,RColorBrewer,冬青,htmltools
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/iSEE/iSEE
BugReports	https://github.com/iSEE/iSEE/issues
取决于我	iSEEu
进口我
建议我	DuoClustering2018,HCAData,schex,TabulaMurisData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	iSEE_2.0.0.tar.gz
Windows二进制	iSEE_2.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	iSEE_2.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/iSEE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ iSEE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/iSEE/
包下载报告	下载数据