hiReadsProcessor

DOI:10.18129 / B9.bioc.hiReadsProcessor

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅hiReadsProcessor

函数来处理LM-PCR从454 / Illumina公司数据读取

Bioconductor版本:3.11

hiReadsProcessor包含的函数允许用户进程LM-PCR产品排序使用任何平台。给定一个excel /多路分解txt文件包含参数和样本的元数据,自动调整功能基因组的适配器和识别产品。基因产品进一步加工的质量控制和丰富量化。

作者:Nirav V Malani < malnirav gmail.com >

维护人员:Nirav V Malani < malnirav gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“hiReadsProcessor”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“hiReadsProcessor”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“hiReadsProcessor”)

HTML R脚本 使用hiReadsProcessor
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 预处理,测序,软件
版本 1.24.0
Bioconductor自 BioC 3.0 (r - 3.1)(6年)
许可证 GPL-3
取决于 Biostrings,GenomicAlignments,BiocParallel,hiAnnotatorR (> = 3.0)
进口 sonicLength,dplyr,BiocGenerics,GenomicRanges,readxl、方法
链接
建议 knitr,testthat
SystemRequirements 咩咩咩咩的叫声,UCSC hg18 2位格式
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 hiReadsProcessor_1.24.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉) hiReadsProcessor_1.24.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hiReadsProcessor
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ hiReadsProcessor
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/hiReadsProcessor/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网