girafe

doi:10.18129/b9.bioc.girafe

此软件包适用于3.11版的生物导体;对于稳定的最新版本,请参阅girafe

基因组间隔和读取功能探索的比对

生物导体版本:3.11

软件包“ Girafe”处理了下一代测序数据的对齐读取的基因组级表示。它包含一个对象类,以启用具有对齐读取和功能的基因组间隔的详细描述,可与此类间隔和对齐的读取进行比较,可视化,导出和工作。因此,软件包与Shortread,Iranges和GenomeIntervals的软件包之间的链接进行交互并提供了链接。

作者:乔恩·托德林(Joern Toedling

维护者:J。Toedling

引用(从r内,输入引用(“ girafe”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ girafe”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Girafe”)

PDF R脚本 基因组间隔和读取功能探索的比对
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 测序,,,,软件
版本 1.40.0
在生物导体中 Bioc 2.6(R-2.11)(10。5年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 2.10.0),方法,生物基因(> = 0.13.8),S4VECTORS(> = 0.17.25),rsamtools(> = 1.31.2),间隔(> = 0.13.1),Shortread(> = 1.37.1),基因组合(> = 1.25.1),网格
进口 方法,生物酶,,,,生物弦(> = 2.47.6),图形,grdevices,stats,utils,iranges(> = 2.13.12)
链接
建议 大量的,,,,org.mm.eg.db,,,,rcolorbrewer
系统要求
增强 基因组合
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 girafe_1.40.0.tar.gz
Windows二进制 girafe_1.40.0.zip(32-和64位)
MacOS 10.13(高山脉) girafe_1.40.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/girafe
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/girafe
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/girafe/
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