girafe
doi：10.18129/b9.bioc.girafe
此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅girafe。
基因组间隔和读取功能探索的比对
生物导体版本：3.11
软件包“ Girafe”处理了下一代测序数据的对齐读取的基因组级表示。它包含一个对象类，以启用具有对齐读取和功能的基因组间隔的详细描述，可与此类间隔和对齐的读取进行比较，可视化，导出和工作。因此，软件包与Shortread，Iranges和GenomeIntervals的软件包之间的链接进行交互并提供了链接。
作者：乔恩·托德林（Joern Toedling
维护者：J。Toedling
引用（从r内，输入引用（“ girafe”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ girafe”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Girafe”）
| R脚本 | 基因组间隔和读取功能探索的比对 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.40.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.6（R-2.11）（10。5年） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | R（> = 2.10.0），方法，生物基因（> = 0.13.8），S4VECTORS（> = 0.17.25），rsamtools（> = 1.31.2），间隔（> = 0.13.1），Shortread（> = 1.37.1），基因组合（> = 1.25.1），网格 |
| 进口 | 方法，生物酶，，，，生物弦（> = 2.47.6），图形，grdevices，stats，utils，iranges（> = 2.13.12） |
| 链接 | |
| 建议 | 大量的，，，，org.mm.eg.db，，，，rcolorbrewer |
| 系统要求 | |
| 增强 | 基因组合 |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | girafe_1.40.0.tar.gz |
| Windows二进制 | girafe_1.40.0.zip（32-和64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | girafe_1.40.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/girafe |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/girafe |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/girafe/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
