gespeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.gespeR

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅gespeR。

Gene-Specific表型估计量

Bioconductor版本:3.11

估计gene-specific表型从脱靶困惑RNAi屏幕。每个核的表现型建模是基于目标和非目标基因,使用一个正规化的线性回归模型。

作者:费边Schmich

维修工:费边Schmich <费边。在bsse.ethz.ch schmich >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“gespeR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“gespeR”)

PDF	R脚本	R包deconvoluting脱靶困惑RNAi屏幕
PDF		参考手册

细节

biocViews	CellBasedAssays,GeneTarget,ImmunoOncology,预处理,回归,软件,可视化
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (r - 3.2)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	方法、图形ggplot2R (> = 2.10)
进口	矩阵,glmnet,cellHTS2,Biobase,biomaRt,doParallel平行,foreach,reshape2,dplyr
链接
建议	knitr
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.cbg.ethz.ch/software/gespeR
取决于我
进口我	eiR
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	gespeR_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	gespeR_1.20.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	gespeR_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gespeR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ gespeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/gespeR/
包下载报告	下载数据